L'ASL di Brescia istituì, con delibera del Direttore Generale n. 998 del 22 agosto 2001, un comitato tecnico scientifico per la valutazione del rischio per la salute umana, composto da rappresentanti dell'ASL di Brescia, del Comune, dell'Istituto Superiore di Sanità, dell'Università degli Studi di Brescia e di Milano, ARPA di Brescia, Provincia di Brescia, Istituto Superiore per la Prevenzione e Sicurezza sul lavoro. A seguito della relazione sulle indagini svolte su alimenti e persone dall'ASL, il 23 febbraio del 2002 il Sindaco di Brescia emise un'ordinanza che riguardava il divieto di allevare animali destinati direttamente, o con i loro prodotti, all'alimentazione umana, il divieto di condurre al pascolo animali e di consumare alimenti di origine animale prodotti nella zona inquinata, il divieto di utilizzo dei sedimenti dei fossati e di asportazione del terreno.
Per la persistenza delle condizioni di rischio, l'ordinanza, su parere dell'ASL, è stata nel tempo riconfermata ed è attualmente in vigore, in attesa di interventi di bonifica.

Il primo comitato tecnico scientifico che ha documentato il proprio lavoro con una relazione del novembre 2003  delimitò l'area inquinata, inizialmente identificata con lo sviluppo areale del suolo inquinato.
Nella zona immediatamente a sud della "Caffaro", a poche centinaia di metri dallo stabilimento, in alcune aziende agricole, di modeste dimensioni, dove si erano dimostrati i valori più elevati di PCB nei terreni, furono effettuate indagini per la ricerca dei PCB, prima sulle produzioni agricole e zootecniche e poi sugli abitanti.
Dalle indagini emerse che il fieno e alcuni vegetali presentavano livelli di contaminazione da PCB superiori alle medie altrove riscontrabili; anche latte, uova e carne di polli, conigli e vitelli delle medesime aziende agricole dimostrarono valori oltre i limiti di riferimento, precedentemente specificati.
Ciò indusse ad eseguire indagini sul sangue dei residenti che avevano consumato questi alimenti, verificando che, nelle 16 persone indagate, erano presenti valori compresi tra 10 e 200 ng/ml, e in un soggetto il valore era di 480 ng/ml. I valori risultarono cioè superiori a quelli di riferimento (0.5 – 15 ng/ml), dimostrando così che nel tempo vi era stato un assorbimento di PCB di presumibile origine alimentare.
Accanto a questi valori di esposizione, le analisi del sangue condotte per verificare il buon funzionamento dei principali organi ed apparati diedero per tutti i soggetti esito favorevole consentendo, in linea di massima, di escludere, allo stato dei fatti, l'esistenza di malattie in atto riferibili ai PCB. Del tutto simile a quello della popolazione generale bresciana fu invece il risultato del dosaggio del mercurio nelle urine, escludendo l'ipotesi che vi fosse stato un assorbimento significativo di questo elemento nei residenti nelle cascine indagate.
I vegetali, raccolti in altre zone attorno alla Caffaro, mostrarono valori decisamente inferiori rispetto a quelli rinvenuti nell'area suddetta.
Anche il latte, prelevato in aziende agricole insediate in altre zone della città. Ha presentato sempre valori di PCB entro i limiti di legge.
Per quanto riguarda il mercurio, rinvenuto in alcuni luoghi intorno alla Caffaro, furono effettuate con esito negativo ulteriori ricerche sulle superfici dei giochi per i bambini di parchi cittadini.

Pertanto, gli esiti di queste prime indagini permisero di dimostrare una associazione tra i livelli di PCB ematici nei residenti dell'area Caffaro ed il consumo di alimenti di origine animale prodotti in area contaminata; per contro i valori di PCBemia per i non consumatori erano sovrapponibili a quelli di persone residenti in altre aree della città.

Nell'insieme, i dati raccolti consentirono di individuare la via alimentare come la più importante fonte di esposizione a PCB per la popolazione generale, indicando come più importanti fonti dietetiche gli alimenti con elevata componente lipidica, soprattutto se di origine animale.
Le aree agricole di coltivazione presentarono un inquinamento dei suoli attribuibile alle pratiche di irrigazione per scorrimento nella zona agricola, attraverso il trasporto in sospensione dei sedimenti inquinati deposti sugli alvei delle rogge.

Le indagini sui lavoratori della Caffaro furono condotte su due diversi gruppi di operai: 145 lavoratori attuali dell'azienda, che in passato non avevano mai lavorato presso il reparto di produzione di PCB e 21 operai, in pensione, che avevano lavorato nel reparto di produzione di PCB, cessata negli anni '80, e che erano stati sottoposti ad accertamenti già nel 1982.
Le indagini consentirono di rilevare che i livelli di PCBemia dei lavoratori attivi nell'azienda erano mediamente simili a quelli della popolazione generale residente in aree non contaminate della città.
Diversamente, gli ex addetti alla produzione del PCB in azienda, in pensione, mostravano una PCBemia mediamente superiore a quelli della popolazione residente in aree non contaminate, mostrando l'esistenza in azienda di una avvenuta esposizione da PCB nel reparto produzione.
Tra i lavoratori ancora attivi, gli ex esposti presentavano valori di PCBemia superiore rispetto ai colleghi di altri reparti, senza evidenze di patologie PCB correlate e rilevabili segni di compromissione dello stato di salute.
La mortalità per tumori e per altre patologie nel periodo 1974-2001 confrontata con quella di tutta la Regione Lombardia mostrò un modesto eccesso, statisticamente non significativo, di morti per tutti i tumori maligni negli operai, ma non negli impiegati.
L'eccesso di mortalità per tumori negli operai mostrò una tendenza all'aumento con l'aumentare della durata di lavoro in fabbrica per i tumori del polmone e del sistema linfo-emopoietico. I risultati dello studio sui lavoratori della Caffaro mostrarono un effetto legato al lavoro nella fabbrica nel suo complesso anche se non permisero di ascrivere ai PCB gli aumenti di mortalità osservata.

L'analisi di rischio sanitario, commissionata dall'ASL all'Istituto Superiore per la Prevenzione e la Sicurezza del Lavoro fu focalizzata sulla contaminazione dovuta ai PCB, PCDD, PCDF delle aree intorno alla Caffaro.
Il principale obiettivo della procedura di analisi di rischio per la salute umana adottato fu l'individuazione dei livelli di concentrazione accettabili al suolo, utilizzabili in fase di intervento nei casi di bonifica, messa in sicurezza o restrizione dell'uso del suolo stesso.
Emerse la necessità di procedere ad interventi di bonifica dei suoli e delle rogge che corrono a valle dell'insediamento produttivo assegnando la priorità alle aree in cui la concentrazione degli inquinanti era risultata più elevata. In funzione delle indicazioni fornite dall'indice di rischio l'Istituto Superiore di Sanità raccomandò che il monitoraggio proseguisse anche nella porzione del territorio a sud della linea ferroviaria Brescia-Milano, al fine di caratterizzare compiutamente la situazione.
L'Istituto Superiore di Sanità ritenne opportuno prevedere l'utilizzo del monitoraggio biologico come strumento per individuare soggetti che avevano avuto maggiore assorbimento di PCB ed integrare i dati del monitoraggio ambientale.